2024年
· “黄连素及其衍生物治疗肠癌的作用机制及临床应用”项目获厦门市2023年度科技进步奖三等奖（张延东排名第2，高锦豪排名第3，2024年）。
· 刘艳教授参与完成神州18发射任务，获得“质量之星”荣誉称号（2024年）
· 卓春祥教授获得2023年度中美化学与化学生物学教授协会杰出教授奖（2024年）。
· 叶龙武教授获得何宜慈讲座教授奖教金（2024年）
2023年
· 刘艳获评中国空间科学领域2023年度“最美科技工作者”。
· 卢英华获评厦门市2023年“最美科技工作者”。
· 颜晓梅获得2022年度厦门市科技创新杰出人才奖（2023）
· “天然产物与药物不对称合成”（黄培强教授课题组）获得田昭武学科交叉奖特等奖（2023）。
· 詹庄平教授课题组获得赵玉芬-浙江永宁药业校企合作奖励金（2023）。
2022年
· 徐海超获得“国家杰出青年科学基金”（2022）。
· 入选2021年度国家自然科学基金优秀青年科学基金项目（海外）（陆钊洪）
· “纳米流式检测技术的研发、应用及产业化”项目荣获福建省科学技术进步奖二等奖（颜晓梅，2022）
· “基于微流控芯片的液体活检新方法”荣获2021年度厦门市科技进步一等奖（杨朝勇排名第1、朱志排名第2，2022）
· 论文“科创竞赛指导工作的实践与思考——基于三创教育与专业教育相融合”在第四届全国大学生创新创业实践联盟年会暨第五届双创实践新技术高峰论坛优秀论文评比中获中国年会入选奖（2022）
· 叶龙武教授入选英国皇家化学学会会士（FRSC），入选福建省高层次人才A类，获第二十七届运盛青年科技奖（2022）
· 霍浩华教授和卓春祥教授均获2022年度Thieme Chemistry Journals Award，均入选厦门市第十五批引进高层次人才“双百计划”
· 颜晓梅教授获福建省最美女科技工作者（2022）
· “纳米流式研发与应用”项目获厦门大学田昭武学科交叉奖特等奖（颜晓梅，2022）
· 卢英华课题组获赵玉芬-浙江永宁药业校企合作奖励金（2022）
· 徐海超教授获厦门大学柳玉滨青年科研奖一等奖（2022）
· 曹晓宇教授被聘为曾定讲席教授（2022）
· 卢英华教授获厦门大学清源奖奖教金（2022）
· 刘艳副教授获厦门大学至善奖奖教金和赵玉芬-浙江永宁药业奖教金（2022）。
· 林泓域副教授获张乾二奖教金（2022）
· 黄培强教授获特别园丁奖（2022）
2021年
· 美国化学会测量科学进展讲座奖（2021年，杨朝勇）
· Thieme Chemistry Journals Award奖（2021年，龚磊）
· “基于限域空间化学测量学的单分子分析新方法研究”项目获中国分析测试协会科学技术奖一等奖（2021，朱志排名第一，杨朝勇排名第2）
· “高密度脂蛋白和载脂蛋白A-I及其模拟肽的血管保护作用及机制研究”项目获福建省医学会附件医学科技奖三等奖（2020，林东海，排名第5）
· “天然产物全合成和化学生物学”获厦门大学田昭武学科交叉奖一等奖（2021，张延东）
· 药明康德生命化学研究奖（2021，叶龙武）
2020年
· 厦门市杰出人才（2019年度，颜晓梅）
· 祥华特聘教授（奖教金）（2020年，张延东）
· “功能性生物活性物质研究与开发”团队获批福建省高等学校科技创新团队（2020年，卢英华）
· 《有机人名反应、试剂与规则（第二版）》获中国石油和化学工业优秀出版物奖•图书奖二等奖（2020年，黄培强）
2019年
· 南强杰出贡献奖（2019年，赵玉芬）
· “纳米流式检测技术的研发、应用及产业化”项目获2019年度厦门市科学技术进步奖一等奖（2019年，颜晓梅）
· 田昭武学科交叉奖一等奖（2019，叶龙武）
· 带领学生团队获国际遗传工程的机器设计竞赛（iGEM）金奖（2019年，方柏山）
· 中组部海外高层次青年人才（2019年，霍浩华）
· 中组部海外高层次青年人才（2019年，卓春祥）
2018年
· 萨本栋讲座教授（2018年，颜晓梅）
· 中国化工学会会士（2018年，李清彪）
· 中组部高层次青年拔尖人才（2018年，曹晓宇）
· 运盛青年科技奖（2018年，曹晓宇）
· 福建省杰出青年基金（2018年，龚磊）
· 田昭武学科交叉奖特等奖（2018年，徐海超）
· 日本化学会The Distinguished Lectureship Award（2018年，徐海超）
· “基于仿生识别体系的生物传感”项目获2018年度福建省科学技术奖自然科学奖三等奖（2018年，杨朝勇）
· “一种全合成培养基及其制备方法和用于培养裂殖壶菌的方法”获第七届厦门市专利奖二等奖（2018年，卢英华）
· 厦门大学化学化工学院园丁奖教金（2018年，卢英华）
· 厦门大学中国建设银行奖教金（2018年，张延东）
· 带领学生团队“模块化检测重金属工程菌及装置”获国际遗传工程的机器设计竞赛（iGEM）金奖（2018年，方柏山）
· 入选教育部2018年度高层次青年学者（2018年，朱志）
2017年
· “手性酰胺的高选择性合成与高效转化及其应用”项目获得高等学校科研究优秀成果奖自然科学二等奖（2017年，黄培强1，郑啸3，王爱娥4）
· “抗肿瘤药物新靶点tRXRa的发现与应用研究”项目获福建省科学技术奖自然科学奖二等奖（2017年，黄培强4）
· 卢嘉锡化学奖（2017年，赵玉芬）
· 入选教育部2018年度高层次青年学者（2017年，叶龙武）
· 英国皇家化学会Top 1%高被引学者（2017年，叶龙武）
· 国家自然科学基金委优秀青年基金（2017年，曹晓宇）
· 中国化学会青年化学奖（2017年，徐海超）
· 厦门大学中国建设银行奖教金（2017年，林东海）
· 田昭武学科交叉奖一等奖（2017，曹晓宇）
2016年
· 《中国科学：化学》2015年度优秀编委（2016年，黄培强）
· “A Concise Formal Stereoselective Total Synthesis of (-)-Swainsonine” 《中国化学快报》编辑部高影响力论文 （2016年，黄培强）
· 国家高层次科技创新领军人才(2016年，颜晓梅)
· 科技部“中青年科技创新领军人才”（2016年，杨朝勇）
· 中组部海外高层次青年人才（2016年，徐海超）
· 国家自然科学基金“优秀青年基金”（2016年，叶龙武）
· 国际有机化学基金会（IOCF）“Yoshida Prize”奖（2016年，Eirc教授）
· Thieme Chemistry Journals Award奖（2016年，叶龙武）
· 福建省青年拔尖人才（2016年，叶龙武）
· 霍英东教育基金会青年教师奖（2016年，高锦豪）
· 福建卢嘉锡科学教育基金会“卢嘉锡优秀导师奖”（2016年，黄培强）
· 厦门大学“何宜慈讲座教授奖”（2016年，黄培强）
· 福建省自然科学优秀学术论文一等奖 (2016年，杨朝勇)
· 中组部、科技部等9部委《全民科学素质行动计划纲要》实施工作先进个人（2016年，杨朝勇）
· 厦门大学“林鹏生态奖”（2016年，陈清西）
· 厦门大学“赵玉芬-浙江永宁药业”奖（2016年，陈静威）
· 厦门大学“邓子基”奖教金（2016年，郑啸）
· 梁希林业科学技术奖二等奖“重要森林叶蜂生态学及综合调控技术”（2016年，黄培强5，郑剑峰11）
2015年
· 赵玉芬院士荣获2015年国际阿布佐夫奖（2015年，赵玉芬）
· 中国女分析化学家奖（2015年，颜晓梅）
· 第五届中国化学会-英国皇家化学会青年化学奖（2015年，杨朝勇）
· 中国青年分析化学家奖（2015年，杨朝勇）
· 福建省青年科技奖（2015年，杨朝勇）
· 厦门市科学技术进步奖二等奖（2015年，杨朝勇）
· 福建省科技创新领军人才（2015年，杨朝勇）
· Elsevier Best Poster Prize（2015年，张延东）
· 福建青年五四奖章（2015年，高锦豪）
· 厦门大学“金达威特聘教授奖”（2015年，张延东）
· 厦门大学学报（自然科学版）》“优秀课题组”（2015年，卢英华课题组）
· 福建省杰出青年科学基金（2015年，叶龙武）
· 厦门大学“中国银行奖教金”奖（2015年，叶龙武）
2014年
· 教育部国家级教学成果二等奖“多元化、高层次化学创新人才培养模式研究与实践”（2014年，黄培强）
· 福建省教学成果特等奖“多元化、高层次化学创新人才培养模式研究与实践” （2014年，黄培强）
· 厦门大学高等教育教学成果特等奖“多元化、高层次化学创新人才培养模式研究与实践”（2014年，黄培强）
· 第十二届福建青年科技奖（2014年，颜晓梅）
· 福建省科学技术进步奖二等奖“高密度培养裂壶藻发酵生产DHA”（2014年，卢英华等）
· 厦门大学“田昭武学科交叉奖”（2014年，卢英华）
· “创青春”福建省大学生创业大赛之第八届“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖（2014年，卢英华）
· 第十二届福建青年科技奖（2014年，颜晓梅）
· 福建省自然科学优秀学术论文一等奖 (2014年，杨朝勇)
· 福建省高校领军人才（2014年，杨朝勇）
· 厦门大学田昭武学科交叉奖一等奖（2014年，杨朝勇）
· 中国化学会青年化学奖（2014年，高锦豪）
· 福建省青年拔尖创新人才（2014年，高锦豪）
· 厦门大学清源奖教金（2014年，张延东）
· 厦门市科学技术进步奖二等奖“新颖的酪氨酸酶抑制剂合成及其在果蔬保鲜和化妆品中的应用研究” （2014年，陈清西）
· 厦门市科学技术进步奖二等奖“抗癌效应物及肿瘤耐药性标志物的应用研究”（2014年，陈清西2）
· 福建省科学技术进步奖二等奖“有关胆管癌的基础与临床研究”（2013年，陈清西3）
· 福建省科学技术进步奖二等奖“内源性抗炎介质-脂氧素抑制子宫内膜异位症的分子机理”（2013年，陈清西3）
· 厦门市科技进步奖二等奖“有关胆管癌的耐药机制与药物筛选相关研究” （2013年，陈清西3）
2013年
· 6.18海峡两岸职工创新成果展金奖一项（2013年，李清彪）
2012年
· 福建省科技进步三等奖一项“PTA氧化残渣的资源化关键技术研发及应用”（2012年，李清彪等）
· 中国石油和化学工业联合会科技进步二等奖（2012年，李清彪等）
· 获福建省科技进步二等奖“龙眼褐变致腐及微生物保鲜关键技术的研究与应用”，（2012年，陈清西2）
