实验室鼓励跨学科、跨地域的科研合作。在实验室成立之初，在赵玉芬院士的积极推动下，联合化学化工学院和生命科学学院以及医学院、药学院的科研力量，共同开展合作研究。比如黄培强教授与生命科学院吴乔教授合作、与药学院张晓坤教授合作，共同发表研究论文或申请发明专利。其中，与张晓坤教授合作的原创抗癌新药K-80003在2016年12月30日成功获得美国FDA的临床试验许可批件，正式进入了新药在被批准上市前必经的临床试验阶段。将开展在晚期结直肠癌患者中的临床测试。这是我国真正意义上的自主研发抗癌新药的突破性成果。

实验室积极主办学术会议，例如成功举办了“第八届有机合成研讨会”（1999年，组委会主任：黄培强）、“第二届中法（里昂）化学研讨会（2005年,组委会主任：黄培强）、“首届海峡化学生物学、生物技术和医药发展讨论会”（2003年，大会主席：赵玉芬）、“第17届国际磷化学大会 ”（2007年，大会主席：赵玉芬）、“第六届全国化学生物学学术会议”（2009年，大会主席：赵玉芬）、“中国化学会第27届学术年会”（2010年，大会秘书长：黄培强）、“化学生物学国际学术会议（International Workshop on Chemical Biology）”（2011年，大会主席：赵玉芬）、“第六届亚洲有机化学前沿国际研讨会会前会”（即第一届亚洲核心计划青年学术会议）（2011年，大会主席：黄培强、姚祝军）、“第五届国际微化学与微系统学术会议”（2013年，组委会主任：杨朝勇）、“国家基金委重大研究计划年度学术交流会”（2013年，组委会主任：颜晓梅）、“第十三届国际华人有机化学研讨会暨第十届国际华人无机化学研讨会”（2014年，组委会主任：黄培强）、“中国化学会第29届年会，论坛九：女化学家论坛”（2014年，论坛主席：赵玉芬院士）、“亚洲三国核酸圆桌会议”（2014年，组委会主任：杨朝勇）、“第三届华南地区结构生物学论坛” （2015年，论坛主席：林东海）、“中美国际分析化学前沿研讨会”（2016年，组委会主任：杨朝勇）、“中国化学会第30届年会，论坛八--女化学工作者谈化学人才成长论坛 ” （2016年，论坛主席：赵玉芬院士） 、“ISAC-Xiamen NanoCytometry Workshop”（国际会议，2018年，会议主席：颜晓梅） 、“第一届空间科学大会” （国内会议，2019年，会议副主席：赵玉芬院士）、“全国第三届资源化学学术研讨会”（国内会议，2019，会议主席：黄培强）、“2019 年校庆系列学术论坛--有机化学前沿研讨会”（国内会议，2019，会议主席：叶龙武）、“中国化学会第八届天然产物全合成-青年学术研讨会”（国内会议，2019，会议主席：张延东）、“中国化学会第四届资源化学学术研讨会”（国内会议，2021，会议主席：黄培强）、“厦门大学百年校庆化学生物学前沿论坛”（国内会议，2021，会议主席：高锦豪）等国际国内会议共计39场。。

通过主办这些重要学术会议，展示了实验室的研究水平与实力，提升了实验室的国内国际影响力。